2005年7月3日，福建中西医结合研究院在福建中医学院正式挂牌成立。福建中西医结合研究院由中国科学院院士陈可冀教授担任院长，中国科学院院士韩启德教授任研究院学术委员会名誉主任，中国科学院院士沈自尹教授任研究院学术委员会主任，福建中医学院院长杜建教授任研究院常务副院长。
7月3日，福建中医学院五四路校区彩旗飘扬，一片喜庆气氛。下午3时正，福建中西医结合研究院成立庆典在福建中医学院五四路校区图书馆广场举行。中国科学院院士、北京大学医学部主任、福建中西医结合研究院学术委员会名誉主任韩启德教授，国家中医药管理局吴刚副局长出席成立大会并致辞；福建省人大常委会陈营官副主任，福建省人民政府副省长汪毅夫教授，福建省政协副主席陈家骅教授，国家中医药管理局科技教育司高思华司长，中国中医研究院曹洪欣院长出席大会，参加成立大会的来宾还有中国科学院院士、复旦大学中西医结合研究所名誉所长沈自尹教授，中国工程院院士、中国医学科学院药物研究所刘耕陶教授，国家自然科学基金委员会中医药学科组王昌恩主任，北京科技出版社邬扬清副总编，台湾大学医学院杨思标教授，香港立委、香港中医师公会副理事长何国璋教授，全国政协委员、澳门镜湖医院慈善会秘书长吴培娟女士，台湾中西整合医学会李春兴博士等；福建省委、省政府办公厅、省教育厅、省卫生厅、省科技厅、省人事厅、省财政厅及上海中医药大学、山东中医药大学、浙江中医学院、江西中医药学院、福建师范大学、福建医科大学等省直单位、省内外高校领导，教学医院、实习单位及厦门中药厂等一批医药企业单位的领导及师生代表近1000人参加了成立大会。福建中医学院党委书记罗萤同志主持成立庆典大会。
福建中医学院院长杜建教授致开幕辞。杜建院长在开幕辞中首先感谢出席成立大会的嘉宾。他说，福建中医学院在中西医结合领域具有传统的优势，形成了富有特色的研究方向。现在又筹建了中西医结合研究院，相信在各位院士、各位专家们的帮助下，福建中西医结合研究院的各项工作将得到长足发展，将有助于提高我省中医药研究与开发水平，进一步促进我省中西医结合的研发工作上一个新的台阶，为中西医结合医学的发展做出贡献。
中国科学院院士、北京大学医学部主任、福建中西医结合研究院名誉主任韩启德教授在成立大会上致辞。韩院士首先对福建中西医结合研究院的成立表示祝贺，他说，全球医学的发展给中西医结合医学的发展带来良好的机遇，希望福建中西医结合研究院的全体医疗科研人员，在传承传统的基础上，积极引进适合于学科发展的现代科学技术与方法，促进多学科的交叉、渗透和融合，提高疗效，揭示中西医结合防病治病原理，发现新现象，找出新规律，节约医疗资源，降低医疗费用，为提高我国乃至世界人民的健康水平作出新贡献。
国家中医药管理局吴刚副局长、福建省教育厅郑祖宪副厅长、福建省卫生厅阮诗玮副厅长先后在成立大会上致辞。中国科学院院士、北京大学医学部主任韩启德教授和福建省人民政府副省长汪毅夫教授向陈可冀院士颁发福建中西医结合研究院院长聘书。
陈可冀院士在成立大会上宣读了福建中西医结合研究院学术委员会成员名单，并对担任学术委员会的院士、专家及出席成立大会的嘉宾表示感谢！最后，福建中西医结合研究院学术委员会主任沈自尹代表嘉宾致辞。
此前，7月3日上午，福建中医学院在大学城校区第一教学楼第2学术报告厅举行福建中西医结合研究院成立学术报告会。报告会由中国科学院院士、福建中西医结合研究院院长陈可冀院士和福建中医学院院长杜建教授主持。中国科学院院士、刘耕陶教授和北京大学中医药现代中心主任徐筱杰教授分别作题为“中西医结合是中医中药可持续发展的最佳战略途径”与“中药活性成分的高通量筛选、分离及作用机理研究”的报告。刘院士与徐教授的精彩演讲博得满堂嘉宾与师生代表的阵阵掌声。
学术报告会结束后，在福建中医学院大学城校区中西医结合研究院会议室召开了福建中西医结合研究院学术委员会第一次会议。研究院学术委员会主任沈自尹院士主持会议。福建中医学院院长、福建中西医结合研究院常务副院长杜建教授首先介绍了学术委员会组成人员，福建中医学院副院长兼中西医结合研究院副院长刘献祥教授作关于福建中西医结合研究院的工作汇报。委员们就研究院发展方向、研究与发展规划及研究方向进行认真讨论并提出了若干建议。陈可冀院士也在会上进一步强调理论要与临床相结合,建立开放性研究平台。最后，沈自尹院士总结认为，福建在国内首家建立中西医结合研究院，有基础，有条件，在陈可冀院士的领导下，可望真正成为全国中西医结合研究的中心。